Este museo, especializado en la explicación y exposición de piezas del período incaico, dibuja un retrato muy detallado pero accesible de la cultura inca. Hay cerámicas, telas, joyas, objetos y utensilios de uso cotidiano (por ejemplo, una gran colección de tazas de madera pintadas, los qeros), así como algunas momias. Se organiza en varias partes: el período preincaico, el período incaico y la destrucción del imperio. Cada parte explica los hábitos, costumbres, de los diferentes pueblos del imperio en los campos del arte, la medicina, la organización social, la agricultura, la metalurgia, etc. En cuanto al escenario en el que se exhiben estos tesoros, la casa colonial con sus cimientos incaicos está dotada de ricos adornos, estatuas, columnatas, techos profusamente decorados, ventanas talladas que dan a una magnífica vista de las colinas circundantes.